BI

Vykdomi projektai

Horizontas 2020 ERA-NET projektas "Nuo šeimininko ir rūšies priklausomo imuninio atsako palyginimas makrofaguose, užkrėstuose zoonozinėmis Leptospira interrogans bakterijomis" (LEPTIMMUNHOST) 2023-2026  

Projektą vykdo tarptautinis konsorciumas, kurį sudaro mokslininkų grupės iš skirtingų šalių. Grupių vadovai:

  • Dr. Catherine Werts, Pastero Institutas, Paryžius, Prancūzija (projekto koordinatorė)
  • Dr. Karina Caimi, INTA, Buenos Aires, Argentina
  • Prof. Dirk Werling, Karališkasis veterinarijos koledžas, Londonas, Jungtinė Karalystė
  • Dr. Česlovas Venclovas, Vilniaus universitetas, Lietuva
  • Prof. David Goodlett, Viktorijos universitetas, Viktorija, Kanada (asocijuotas partneris)

Projektą finansuoja projekte dalyvaujančių šalių agentūros. Lietuvos grupės tyrimus finansuoja Žemės ūkio ministerija.

Leptospira interrogans bakterijos (leptospiros) sukelia leptospirozę – zoonozinę ligą, kuria serga žmonės ir gyvūnai visame pasaulyje. Liga gali pasireikšti kaip ūmi ar net mirtina atsitiktinių šeimininkų, tokių kaip žmonės ar galvijai, infekcija. Leptospiroze dažniau užsikrečia gyvulininkystės fermų, mėsos kombinatų ir veterinarijos darbuotojai. Leptospirozė taip pat gali progresuoti į lėtinę, dažniausiai besimptomę, infekciją savo natūraliuose šeimininkuose, tokiuose kaip pelės ir žiurkės. 

Šiuo projektu siekiama atlikti lyginamąją analizę įgimtų imuninių atsakų, kuriuos sukelia makrofagai iš skirtingų šeimininkų, tokių kaip galvijai, kiaulės, pelės, žiurkėnai ir žmonės, užkrėtimo įvairiomis zoonozinėmis Leptospira padermėmis, atsakingomis už skirtingą ligos eigą. Bendras šio projekto tikslas - suprasti skirtingus ir specifinius imunologinio atsako į leptosiprozę procesus ir kelius. Konkrečiau, šis projektas skirtas palyginti kaip kai kurie į Toll panašūs receptoriai (angl. Toll-like receptors; TLRs) atpažįsta leptospirų membraninius komponentus. Tam tikslui bus nadojami struktūriniai, biocheminiai, genominiai, imunologiniai, konfokalinės mikroskopijos ir kompiuterinio modeliavimo metodai. Šio projekto rezultatai turėtų padėti geriau suprasti skirtingų leptospirozės šeimininkų įgimto imuninio atsako mechanizmus ir atitinkamai pritaikyti į šeimininką nukreiptas intervencijos strategijas.

COMER

COMER: baltymų tolimos homologijos paieška

COMER - baltymų sekų sugretinimo įrankis, skirtas tolimai homologijai identifikuoti. Programinė įranga skaito įeitinius duomenis daugybinio sekų sugretinimo pavidale, juos konvertuoja į skaitinį modelį - profilį - ir inicijuoja statistiškai reikšmingų panašumų paiešką profilių duomenų bazėje. COMER licenzijuota GNU GP Licenzija, 3-ia versija. Antroji versija išnaudoja grafinių procesorių (angl., GPU) galią itin greitoms homologijų paieškoms atlikti. Prašome vadovautis README failo instrukcijomis pakete, kaip naudotis COMER programine įranga.

comer v2
comer v1.05

Žemiau esanti nuoroda nukreips į direktoriją, kurioje rasite COMER profilių duomenų bazes. Kiekvienas profilis iš duomenų bazės gali būti lengvai išsaugotas atskirai ir, pvz., naudojamas COMER paieškoms (žr. `README' failą COMER programinės įrangos įdiegimo pakete).

comer v2 duomenų bazės

COMER taip pat prieinamas kaip internetinis serveris.

Publikacijos:

Dapkunas, J. & Margelevicius, M. (2023) The COMER web server for protein analysis by homology. Bioinformatics 39(1), btac807

Margelevicius, M. (2020) COMER2: GPU-accelerated sensitive and specific homology searches. Bioinformatics 36(11), 3570–3572.

Margelevicius, M. (2019) Estimating statistical significance of local protein profile-profile alignments. BMC Bioinformatics 20, 419.

Margelevicius, M. (2018) A low-complexity add-on score for protein remote homology search with COMER. Bioinformatics 34(12), 2037-2045.

Margelevičius M. (2016) Bayesian nonparametrics in protein remote homology search. Bioinformatics 32(18), 2744–2752.

 

BI Naudingi įrankiai

gmx_makecyclictop -- Perlo skriptas, skirtas sukurti ciklinių peptidų ar ciklinių nukleotidų topologijos failą, skirtą GROMACS molekulinės dinamikos simuliacijoms.

dali_sp -- Pagalbinis skriptas programai DaliLite atlikti struktūrų palyginimą ir gautus porinius palyginius apjungti į vieną sudėtinį palyginį. Atsisiuntę archyvą, išpakuokite jį komanda: tar -zxf dali_sp.tgz

modplus --  Pagalbinis skriptas programai Modeller; jis skirtas atlikti sekos-struktūros išlygiavimą ir išankstinius apdorojančius žingsnius taikinio sekai modeliuoti. Įeitinius programos duomenis sudaro taikinio ir šablonų sekų sudėtinis palyginys FASTA formate. Šablonų struktūros turėtų būti pasiekiamos parametru nurodytame kataloge. Atsisiuntę archyvą, išpakuokite jį komanda: tar -zxf modplus.tgz

BI Voronota

Voronota: greitas ir patikimas programinis įrankis Voronojaus rutulių diagramos viršūnių paskaičiavimui

Čia galima nusikelti Voronota programėlę

Publikacija:

Kliment Olechnovič and Česlovas Venclovas (2014) Voronota: A fast and reliable tool for computing the vertices of the Voronoi diagram of atomic balls. J Comput Chem, 35:672-681.