Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius
Tel. (8 5) 223 4365
BI
BI CAD-score
CAD-score: baltymų struktūrinių modelių tikslumo vertinimas etaloninės struktūros atžvilgiu
CAD-score internetinis serveris
Senesnė (originali) CAD-score programinė įrangą
Naujesnė CAD-score realizacija Voronota programinės įrangos pakete
Publikacijos:
- Metodo taikymas baltymams:
Kliment Olechnovič, Eleonora Kulberkytė and Česlovas Venclovas (2013) CAD-score: a new contact area difference-based function for evaluation of protein structural models. Proteins, 81:149–162. [PubMed] [PDF] - Metodo adaptavimas RNR:
Kliment Olechnovič and Česlovas Venclovas (2014) The use of interatomic contact areas to quantify discrepancies between RNA 3D models and reference structures. Nucleic Acids Res, 42:5407-5415 [PubMed] [PDF] - Internetinio serverio aprašymas:
Kliment Olechnovič and Česlovas Venclovas (2014) The CAD-score web server: contact area-based comparison of structures and interfaces of proteins, nucleic acids and their complexes. Nucleic Acids Res, 42(Web Server issue):W259-W263 [PubMed] [PDF]
BI Voroprot
Voroprot - interaktyvus multiplatforminis programinis įrankis, skirtas baltymų struktūrų geometrijai tirti. Voroprot leidžia konstruoti ir vizualizuoti Apolonijaus diagramą (Voronoi diagramą sferoms), Apolonijaus grafą (Delone trianguliacijos analogą), alfa-figūras (angl. - alpha shape), tarpatominių kontaktų paviršius, tirpikliui prieinamus paviršius, kišenes ir tuštumas baltymo struktūroje.
Voroprot parašytas C++ kalba naudojant Qt ir OpenGL. Voroprot paprasta instaliuoti, jam nereikia specialios papildomos programinės įrangos.
Publikacija: Olechnovič K., Margelevičius M. and Venclovas Č. (2010) Voroprot: an interactive tool for the analysis and visualization of complex geometric features of protein structure. Bioinformatics (2011) 27 (5): 723-724.
BI PDEXK
PDEXK serveris naujoms PD-(D/E)XK superšeimos baltymų šeimoms nustatyti
PD-(D/E)XK nukleazės, pirmiausiai kaip II tipo restrikcijos fermentai, nors ir pasižymi tarpusavyje konservuotu struktūriniu aktyvaus centro motyvu, paprastai pasižymi labai žemo lygio arba išvis nepasižymi sekų panašumu. Todėl naujų superšeimos narių nustatymas, naudojant sekų analizės metodus, išlieka ne paprastu uždaviniu.
PDEXK internetinis serveris sukūrtas naujoms PD-(D/E)XK superšeimos baltymų šeimoms nustatyti naudojant klasifikavimo Atraminių Vektorių Metodą (angl. Support Vector Machines), apmokytą išvestiniais sekų profilių-profilių palyginimų duomenimis. Naudojant superšeimai specifinius ir bendruosius bruožus, AVM klasifikatorius buvo apmokytas nustatyti PD-(D/E)XK šeimos atstovus pagal sekų profilių sugretinimus.
PDEXK internetinis serveris nebepalaikomas. Programos kodas yra prieinamas.
Publikacija:
Laganeckas M., Margelevičius M., Venclovas Č. (2010) Identification of new homologs of PD-(D/E)XK nucleases by Support Vector Machines trained on data derived from profile-profile alignments. Nucleic Acids Res.
BI PSI-BLAST-ISS
PSI-BLAST-ISS: programinis įrankis sekų palyginio rėžių patikimumo vertinimui
Čia pateiktas mūsų laboratorijoje sukurtas paieškų, panaudojant tarpines sekas, programinis įrankis ISS (angl. Intermediate Sequence Search). ISS yra skirtas sekų palyginio, sudaryto iš dviejų ar daugiau sekų, pozicijų patikimumo įvertinimui. To dažnai prireikia įvertinant modeliuojamos sekos (taikinio) išlyginimo su žinomos erdvinės struktūros baltymo (struktūrinio šablono) seka patikimumą. Pagrindinė ISS algoritmo idėja yra tai, kad inicijuojamos papildomas PSI-BLAST paieškos, panaudojant sekas, kurios giminingos tiek taikiniui, tiek šablonui. Iš to, kaip gerai (ar blogai) tarpusavyje sutampa taikinio-šablono palyginiai, paimti iš visų šių papildomų paieškų, sprendžiama apie atskirų palyginio rėžių patikimumą.
Naujausia ISS įrankio versija nusikėlimui:
iss-v1.04.tar.gz [1.04 versija]
Ankstesnės versijos:
iss-v1.03.tar.gz [1.03 versija]
iss-v1.02.tar.gz [1.02 versija]
iss-v1.01.tar.gz [1.01 versija]
iss-v1.0.tar.gz [1.0 versija]
Norėdami instaliuoti ISS įrankį savo kompiuteryje, pirmiausiai išsaugokite bylą pasirinktame kataloge. Po to išarchyvuokite panaudoję komandą:
tar -zxvf iss-v<ver_num>.tar.gz
Užbaikite instaliaciją pagal README.install byloje esančias instrukcijas.
Publikacija:
Margelevičius M., Venclovas Č. (2005) PSI-BLAST-ISS: an intermediate sequence search tool for estimation of the position-specific alignment reliability. BMC Bioinformatics 6(1):185