VU Biotechnologijos institutas - COMER

COMER

COMER

COMER: baltymų tolimos homologijos paieška

COMER - baltymų sekų sugretinimo įrankis, skirtas tolimai homologijai identifikuoti. Programinė įranga skaito įeitinius duomenis daugybinio sekų sugretinimo pavidale, juos konvertuoja į skaitinį modelį - profilį - ir inicijuoja statistiškai reikšmingų panašumų paiešką profilių duomenų bazėje. COMER licenzijuota GNU GP Licenzija, 3-ia versija. Antroji versija išnaudoja grafinių procesorių (angl., GPU) galią itin greitoms homologijų paieškoms atlikti. Prašome vadovautis README failo instrukcijomis pakete, kaip naudotis COMER programine įranga.

comer v2
comer v1.05

Žemiau esanti nuoroda nukreips į direktoriją, kurioje rasite COMER profilių duomenų bazes. Kiekvienas profilis iš duomenų bazės gali būti lengvai išsaugotas atskirai ir, pvz., naudojamas COMER paieškoms (žr. `README' failą COMER programinės įrangos įdiegimo pakete).

comer v2 duomenų bazės

References:

Margelevicius, M. (2020) COMER2: GPU-accelerated sensitive and specific homology searches. Bioinformatics 36(11), 3570–3572.

Margelevicius, M. (2019) Estimating statistical significance of local protein profile-profile alignments. BMC Bioinformatics 20, 419.

Margelevicius, M. (2018) A low-complexity add-on score for protein remote homology search with COMER. Bioinformatics 34(12), 2037-2045.

Margelevičius M. (2016) Bayesian nonparametrics in protein remote homology search. Bioinformatics 32(18), 2744–2752.

 

Siekdami užtikrinti jums teikiamų paslaugų kokybę, Universiteto tinklalapiuose naudojame slapukus. Tęsdami naršymą jūs sutinkate su Vilniaus universiteto slapukų politika. Daugiau informacijos