Naudingos nuorodos


Bibliografinė informacija, straipsnių paieška

National Center for Biotechnology Information (NCBI) - PubMed

PubCrawler- straipsnių paieška PubMed ir GenBank duomenų bazėse, yra galimybė elektroniniu paštu (e-mail) gauti pranešimus apie pasirodančius naujus straipsnius (pagal autorius ar raktinius žodžius).

Baltyminių ir nukleotidinių sekų paieška pagal pavadinimą, apibūdinimą ar kitus raktinius žodžius

European Bioinformatics Institute (EBI) - EMBL

  •   SRS (Sequence Retrieval System) 

National Center for Biotechnology Information (NCBI) - GenBank

DNA Data Bank of Japan (DDBJ) - DDBJ

  • SRS (Sequence Retrieval System) 
Baltymų ir kitų molekulių tretinių struktūrų paieška ir peržiūra

The RCSB Protein Data Bank - PDB

Panašių baltymų tretinių struktūrų paieška - DALI

Nemokamos tretinių struktūrų peržiūros programos internete - RasMol ir Swiss-PdbViewer.

Baltyminių ar nukleotidinių sekų palyginimas su duomenų bazėse esančiomis sekomis, panašumų ir galimų konservuotų motyvų paieška

National Center for Biotechnology Information (NCBI) - BLAST

European Bioinformatics Institute (EBI) - FASTA

PROSITE - Database of protein families and domains

Pfam - Protein families database of alignments and HMMs

PRINTS - Protein Fingerprint Database

Baltyminių ar nukleotidinių sekų palyginimas tarpusavyje

Programos kuriomis galima gauti baltyminių ar nukleotidinių sekų tarpusavio palyginius SSearch3 arba FASTA3.

Dviejų ir daugiau baltymų ar DNR sekų palyginimas - EBI ClustalW

Kitos nuorodos
 
Restriction Enzyme Database - REBASE
MBI"Fermentas" - Catalog on-line
Biochemijos Instituto puslapis

Vilniaus Universiteto puslapis

Doktorantūra

VU Biotechnologijos institute galimos trečiosios pakopos biochemijos krypties ir chemijos inžinerijos krypties doktorantūros studijos. 

Pageidaujančius stoti į biochemijos m. krypties ir chemijos inžinerijos m. krypties doktorantūros studijas VU Biotechnologijos institute maloniai prašome kreiptis į:

Pavardė, vardas Pareigos Darbo telef. Kab. El.paštas
dr. Vytautas Smirnovas   direktoriaus pavaduotojas  852234362 C303

Vilniaus Universiteto doktorantūros studijų puslapis

Išsamesnę informacią apie priėmimą į doktorantūrą 

VU doktoranturos reglamentas 2017-10-24

Doktorantų, priimtų nuo 2010 m. spalio 1 d., doktorantūros studijos vyksta, ginamos daktaro disertacijos ir laipsniai suteikiami vadovaujantis Vilniaus universiteto Mokslo doktorantūros reglamentu. 

Iki 2010 m. spalio 1 d. priimtų biochemijos ir chemijos inžinerijos krypties doktorantų studijos vyksta pagal Biotechnologijos instituto doktorantūros reglamentą  

VU Chemijos inžinerijos krypties doktorantūros studijų reglamentasdalykų sąrašassandaiprotokolaikomiteto sudėtis.

VU Biochemijos krypties doktorantūros reglamentas, sandai, komiteto sudėtis.

Nuo 2011 m. spalio 1 d. į chemijos inžinerijos krypties doktorantūrą priimtų doktorantų studijų planaivadovų sutikimai, jų mokslinių straipsnių sąrašai.

Nuo 2012 m. spalio 1 d. į chemijos inžinerijos krypties doktorantūrą priimtų doktorantų studijų planaivadovų sutikimai, jų mokslinių straipsnių sąrašai.

Nuo 2013 m. spalio 1 d. į chemijos inžinerijos krypties doktorantūrą priimtų doktorantų studijų planaivadovų sutikimai ir jų mokslinių straipsnių sąrašai.

Atmintinė besiruošiantiems gynimui.

Atmintinė stojantiems i doktorantūrą.

LR Vyriausybės nutarimas dėl doktorantūros lėšų gražinimo.

LR Vyriausybės pakoreguotas nutarimas dėl doktorantūros lėšų gražinimo.

VU stipendijų nuostatai 2014-11-11.

 Apgintos disertacijos:

Vytautas Raškevičius. Baltymų ir mažų molekulių sąveikos kompiuterinis modeliavimas. Mokslinis vadovas - dr. Visvaldas Kairys. 2017-09-22. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Georgij Kostiuk. Monomerinės restrikcijos endonukleazės BcnI-DNR sąveikos tyrimas pavienių molekulių metodais. Mokslinis vadovas - prof. dr. Virginijus Šikšnys, konsultantas - dr. Giedrius Sasnauskas. 2017-07-04. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Paulius Lukas Tamošiūnas. Parvovirusų į virusus panašių dalelių sintezė mielėse ir jų panaudojimas diagnostikoje. Mokslinis vadovas - prof. habil. dr. Kęstutis Sasnauskas. 2017-05-31. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Vaida Simanavičienė. Žmogaus papilomos viruso molekulinė diagnostika ir paplitimo tyrimai. Mokslinė vadovė – prof. dr. Aurelija Žvirblienė. 2017-03-07. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Tautvydas Karvelis. II tipo CRISPR-Cas sistemų pritaikymas genomo redagavimui. Mokslinis vadovas prof. dr. V. Šikšnys. 2016-12-15. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Gediminas Alzbutas. Prokariotinių DNazės I homologų pakantumo druskingumui / halofiliškumo mechanizmai bei jaučio DNazės I atsparumo joninei jėgai didinimas. Mokslinis vadovas prof. habil. dr. K. Sasnauskas. 2016-12-07. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Simona Baranauskė. Augalų mažųjų nekoduojančių RNR metilstransferazės HEN1 struktūrinis-funkcinis tyrimas. Mokslinis vadovas dr. G. Vilkaitis. 2016-08-25. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Egidijus Kazlauskas. Aril-dihidroksilfenil-tiadiazolų jungimosi su rekombinantiniu žmogaus Hsp90 baltymu termodinamika. Mokslinis vadovas dr. D. Matulis. 2016-06-14. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Tomas Šinkūnas. I tipo CRISPR-Cas sistemos DNR interferencijos atkūrimas in vitro. Mokslinis vadovas prof. V. Šikšnys. 2015-03-19. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Darius KazlauskasDvigrandės DNR virusų DNR replikacijos baltymų analizė kompiuteriniais metodais. Mokslinis vadovas dr. Č.Venclovas. 2014-12-04. Vilniaus universitetas, Vilnius

Miglė TomkuvienėRNR ir DNR specifinis žymėjimas panaudojant metiltransferazes. Mokslinis vadovas prof. S.Klimašauskas. 2013-12-05. Vilniaus universitetas, Vilnius

Lina Baranauskienė. Rekombinantinių žmogaus karboanhidrazių I, II, VII, IX, XIII sąveikos su ligandais tyrimas. 2013-03-15.  Mokslinis vadovas dr. D.Matulis. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Giedrius Gasiūnas. DNR interferencijos mechanizmas II tipo CRISPR/Cas sistemose. 2012-12-07. Mokslinis vadovas prof. dr. V. Šikšnys. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Dmitrij Golovenko. Restrikcijos endonukleazių EcoRII, BfiI ir Bse634I struktūriniai ir funkciniai tyrimai. 2012-11-06. Moksliniai konsultantai dr. S. Gražulis, prof. dr. V. Šikšnys. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Arūnas Šilanskas. Kontroliuojamo aktyvumo restrikcijos endonukleazių-tripleksą formuojančių oligonukleotidų konjugatai.  2012-06-26. Mokslinis konsultantas prof. dr. V. Šikšnys. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Zita Liutkevičiūtė. DNR citozino metiltransferazių reakcijos, nedalyvaujant kofaktoriui. Mokslinis vadovas prof. S.Klimašauskas. 2012-03-29. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Evaldas Čiplys. Tymų viruso hemagliutinino brendimo procesų mielių S. Cerevisiae ir P.pastoris ląstelių sekreciniame kelyje tyrimas ir mielių humanizavimas. Mokslinis vadovas dr. R. Slibinskas. mokslinis konsultantas prof. K.Sasnauskas. 2011-12-16. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Eglė Mažeikė. Modelinės priešvėžinės vakcinos konstravimas panaudojant į virusus panašias daleles. Mokslinė vadovė dr. A. Gedvilaitė. 2011-06-17. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Mindaugas Juozapaitis. Paramyxoviridae šeimos virusų nukleokapsidės baltymų sintezė mielėse Saccharomyces cerevisiae ir jų panaudojimas diagnostikai. Mokslinis konsultantas prof. K. Sasnauskas. 2011-06-20. Vilniaus universitetas, Vilnius.

Indrė Kučinskaitė-Kodzė. Naujų monokloninių antikūnų prieš virusų antigenus kūrimas, charakterizavimas ir taikymas. Mokslinė vadovė dr. A. Žvirblienė. 2011-06-20. Vilniaus Gedimino technikos universitetas, Vilnius.

Rūta Gerasimaitė. DNR metiltransferazės HhaI atpažįstamos sekos inžinerija ir konformacinių virsmų kinetikos tyrimas. Mokslinis konsultantas prof. S.Klimašauskas. 2011-05-02. Vilniaus universitetas, Vilniuss

Raimundas Ražanskas. Žmogaus hepatito B viruso šerdies baltymo ir jo mutantinių formų sąveika su žmogaus kepenų baltymais. Mokslinis vadovas prof. K.Sasnauskas. 2010-11-15. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Rasa Sukackaitė. Structural and functional studies of the restriction endonuclease BpuJI". Mokslinis vadovas prof. dr. Virginijus Šikšnys, mokslinis  konsultantas. dr. S. Gražulis. 2009-12-04. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Gintautas Tamulaitis. Restrikcijos endonukleazių Ecl18kI ir EcoRII, sąveikaujančių su pertrauktomis palindrominėmis sekomis, struktūriniai ir funkciniai tyrimai. ("Structural and Functional Studies of the Ecl18kI and EcoRII Restriction Enzymes Specific for Interrupted Palindromic Sites"). Mokslinis konsultantas prof. dr. Virginijus Šikšnys. 2008-11-28. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Rasa Petraitytė. Virusinių baltymų sintezė mielėse ir jų naudojimas diagnostikai. Mokslinis vadovas prof. habil. dr. K. Sasnauskas, dr. A. Ražanskienė. 2008-03-27. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Aistė Bulavaitė. Poliomos virusų MPyV, SV40 ir hepatito B viruso chimerinių paviršiaus baltymų sintezė mielėse ir savybių tyrimas. 2008-04-17. Mokslinis vadovas prof. habil. dr. K. Sasnauskas. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Sonata Jurėnaitė-Urbanavičienė. Naujo specifiškumo bifunkcinių restrikcijos endonukleazių konstravimasMokslinis konsultantas dr. A.Lubys. 2008-06-27. Biotechnologijos institutas, Vilnius. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Linas Antoniukas. Hantaviruso nukleokapsidės baltymo vakcinoms ir diagnostikai sintezė mielėse Saccharomyces cerevisiae ir gryninimas gamybinėmis sąlygomis („Large-scale production and purification of hantavirus nucleocapsid protein in yeast Saccharomyces  cerevisiae for diagnostics and vaccine applications). Mokslinis vadovas prof. habil. dr. K. Sasnauskas, konsultantai prof. dr. U. Reichl, habil. dr. R. Ulrich. 2008-05-09. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Rimantas Šapranauskas. IIS potipio restrikcijos endonukleazės BfiI domeninės organizacijos tyrimas,panaudojant naują geno atsitiktinio padalinimo metodą.Mokslinis konsultantas dr. A.Lubys. 2008-06-28.

Giedrė Tamulaitienė. Kristalografiniai ir funkciniai II tipo restrikcijos endonukleazių Eco57I ir SdaI tyrimai. Moksliniai konsultantai prof. dr. V. Šikšnys ir dr. S.Gražulis. 2007-03-29. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Edita Kriukienė. Restriction Endonuclease MnlI - a Member of the HNH Family of Nucleases Mokslinis konsultantas dr. A.Lubys. 2007-10-30. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Arturas Jakubauskas. Domain organization analysis of type II restriction endonucleases. Mokslinis konsultantas prof. dr. V. Šikšnys. 2007-04-19. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Gražvydas Lukinavičius. Metiltransferazių katalizuojamas funkcinių grupių įvedimas specifinėse sekose. Mokslinis konsultantas prof. habil. dr. S. Klimašauskas. 2007-10-12. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Dalia Daujotytė. HhaI metiltransferazės sąveika su DNR ir aktyvus bazės išsukimas. Mokslinis konsultantas prof. habil. dr. S. Klimašauskas. 2006-06-08. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Natalija Pozdniakovaitė. Human Protein p14.5 Gene Structure and Function in Normal and Oncoproliferating Cells. Mokslinė konsultantė dr. V. Popendikytė. 2006-06-16. VGTU, Vilnius.

Eglė Merkienė. DNA Methylstransferase HhaI: Conformational Changes and Interactions with Substrates.  Mokslinis konsultantas prof. habil. dr. S. Klimašauskas. 2006-11-17. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Rimantas Slibinskas. Synthesis of Mumps and measles Virus Proteins in yeast and their use in Diagnostics.  Mokslinis vadovas prof. habil. dr. K. Sasnauskas. 2006-01-20. VU, Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Mindaugas Zaremba. Tetramerinės restrikcijos endonukleazės Bse634I struktrūos, stabilumos ir funkcijos ryšys. Mokslinis konsultantas prof. dr. V. Šikšnys. 2006-10-26. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Mindaugas Zaveckas. Partitioning and Refolding of Recombinant Human Granulocyte-Colony Stimulating Factor in Aqueous Two-Phase Systems Containing Chelated Metal Ions. Moksliniai konsultantai dr. D. Matulis ir dr. H. Pesliakas. 2005-11-11. VGTU, Biotechnologijos institutas Vilnius.

Edita Mištinienė. Structure and properties of tumor associated antigen UK114 and its homologue protein p14.5. Moksliniai konsultantai prof. habil. dr. G. Dienys ir dr. V. Naktinis. 2004-06-05. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Renata Rimšelienė. Construction of restriction endonuclease Eco57I mutants with altered sequence specificity. Mokslinis konsultantas prof. habil. dr. A. Janulaitis. 2004-06-09. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Giedrius Sasnauskas. Naujasis IIS restrikcijos endonukleazių pogrupis. Mokslinis vadovas dr. V. Šikšnys. 2004-06-07. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Danguolė Bartkevičiūtė . Heterologinių baltymų sekrecijos sistemų konstravimas mielėse. Mokslinis vadovas prof. habil. dr. K. Sasnauskas. 2002-01-22. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Jolanta Vitkutė. II tipo restrikcijos endonukleazių paieška ir charakteristika. Mokslinis vadovas prof. habil. dr. A. Janulaitis. 2002-07-02. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Saulius Serva. Citozino metiltransferazės HhaI sąlygotų DNR konformacijos pokyčių tyrimas. Mokslinis prof. habil. dr. S. Klimašauskas. 2001-03-22. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Kornelijus Stankevičius. Netipinių II-os klasės restrikcijos-modifikacijos sistemų Bpu10I ir Eco47I-Eco47II charakteristika. Mokslinis vadovas prof. habil. dr. A. Janulaitis. 2000-05-30. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Remigijus Skirgaila. Restrikcijos endonukleazės Cfr10I struktūros ir funkcijos ryšys. Mokslinis vadovas dr. V. Šikšnys. 2000-06-02. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Albertas Timinskas. DNR metiltransferazių pirminių struktūrų palyginamoji analizė. Mokslinis vadovas prof. habil. dr. A. Janulaitis. 2000-09-05. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Arūnas Lagunavičius. Restrikcijos endonukleazės MunI struktūros ir funkcijos ryšys. Mokslinis vadovas dr. V. Šikšnys. 1999-03-05. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Arvydas Lubys. II klasės restrikcijos-modifikacijos sistemų Bsp6I, Cfr9I ir HphI genų klonavimas ir tyrimas. Mokslinis vadovas prof. habil. dr. A. Janulaitis. 1997-07-18. Biotechnologijos institutas, Vilnius.

Studentų mokslinė praktika

Instituto mokslo darbuotojai dalyvavo Lietuvos mokslo tarybos kartu su ŠMM Mokslo ir studijų departamentu parengtame ESF projekte “Studentų mokslinės praktikos” (SMP) projekte, kurio tikslas skatinti akademinį jaunimą domėtis moksliniais tyrinėjimais, atskleisti mokslininko profesijos bei mokslininko karjeros perspektyvas, sudaryti galimybę įvairių Lietuvos regionų bei aukštųjų mokyklų studentams susipažinti su moksliniais tyrimais geriausiose Lietuvos mokslininkų grupėse, kolektyvuose ir centruose. Čia pateikti duomenys apie mokslinę praktiką 2006-2012  m.m. BTI atlikusius studentus, jų vadovus ir vykdytas temas 2006200720082009201020112012 ir  studentų vykdytus  2012 m. mokslinius tyrimus laisvu nuo studijų laiku.

Studentų baigiamieji darbai

Studentų baigiamieji darbai parengti Biotechnologijos institute 2006-2015 m. m. 


2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015.

Studijos

VU Biotechnologijos Instituto mokslininkai vykdo ne tik fundamentinius ir taikomuosius tyrimus, bet ir bendradarbiauja su Vilniaus universiteto Gamtos mokslų fakulteto Biochemijos ir biofizikos, Botanikos ir genetikos, Augalų fiziologijos ir mikrobiologijos katedromis, VU Chemijos fakulteto Organinės chemijos, Polimerų chemijos katedromis, VGTU Fundamentinių mokslų fakulteto Chemijos ir bioinžinerijos katedra, KTU Organinės chemijos katedra, LŽŪU ir dalyvauja biochemijos, genetikos, mikrobiologijos, chemijos, bioinžinerijos bakalaurų ir magistrantų rengime, skaitydami paskaitas ir vesdami laboratorinius darbus. 1999 metais, gavus finansinę Lietuvos-Italijos dvišalio mokslo rėmimo fondo paramą, Institute įkurta Mokomoji genų inžinerijos laboratorija, kurioje universitetų studentai atlieka genų inžinerijos ir kitus laboratorinius darbus. Nemaža dalis tokių studentų institute atlieka baigiamuosius - bakalaurinius ir magistrinius darbus, o gabiausieji - tęsia trečios pakopos studijas biochemijos krypties doktorantūroje ar chemijos inžinerijos krypties doktorantūroje.

Pageidaujančius VU Biotechnologijos institute atlikti bakalauro ar magistro darbus prašome kreiptis į:

Baltymų-nukleorūgščių sąveikos tyrimų skyrius
prof. dr. Šikšnys Virginijus skyriaus vedėjas, vyriausiasis mokslo darbuotojas 85 2234354 V329                
DNR modifikacijos tyrimų skyrius
prof., habil. dr. Klimašauskas Saulius skyriaus vedėjas, vyriausiasis mokslo darbuotojas 85 2234350 V303

Eukariotų genų inžinerijos skyrius
dr. Žvirblis Gintautas skyriaus vedėjas, vyresnysis mokslo darbuotojas 85 2234358 C461

Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo skyrius
dr. Matulis Daumantas skyriaus vedėjas, vyriausiasis mokslo darbuotojas 85 2234364 C309

Bioinformatikos skyrius
dr. Venclovas Česlovas skyriaus vedėjas, vyriausiasis mokslo darbuotojas 85 2234368 C535

Imunologijos ir ląstelės biologijos skyrius
dr. Žvirblienė Aurelija skyriaus vedėja, vyriausioji mokslo darbuotoja 85 2234360 V231

Taikomosios biokatalizės sektorius
dr. Matijošytė Inga mokslo darbuotoja 85 2234371 C325

Mikroskysčių technologijų sektorius
dr. Mažutis Linas vyresnysis mokslo darbuotojas 85 2234356 C225