COMER

COMER

COMER: baltymų tolimos homologijos paieška

COMER - baltymų sekų sugretinimo įrankis, skirtas tolimai homologijai identifikuoti. Programinė įranga skaito įeitinius duomenis daugybinio sekų sugretinimo pavidale, juos konvertuoja į skaitinį modelį - profilį - ir inicijuoja statistiškai reikšmingų panašumų paiešką profilių duomenų bazėje. COMER licenzijuota GNU GP Licenzija, 3-ia versija. Prašau, suraskite archyvą žemiau, atsisiųskite jį, išarchyvuokite naudodami komandą "tar -zxf <archyvo-pavadinimas>" ir vadovaukitės README failo instrukcijomis, kaip naudotis COMER programine įranga.

comer.1.04.tgz [177.6 MB]
comer.1.03.tgz [177.3 MB]
comer.1.02.tgz [167.0 MB]
comer.1.01.tgz [167.0 MB]

Žemiau esanti nuoroda nukreips į direktoriją, kurioje rasite COMER profilių duomenų bazes. Duomenų bazės yra tekstiniame formate. Kiekvienas profilis iš duomenų bazės gali būti lengvai išsaugotas atskirai ir, pvz., naudojamas COMER paieškoms (žr. `README' failą COMER programinės įrangos įdiegimo pakete).

db

References:

Margelevičius M. (2016) Bayesian nonparametrics in protein remote homology search. Bioinformatics 32(18), 2744–2752.

Margelevičius M. (2017) Low-complexity add-on scores for protein remote homology search with COMER.