COMA

COMA: baltymų tolimų evoliucijos ryšių nustatymo metodas

COMA internetinis serveris

COMA (angl. Comparison Of Multiple Alignments) - tai tolimų evoliucijos ryšių nustatymo metodas taikant sudėtinių (daugybinių) baltymų sekų palyginių palyginimo teoriją. COMA programinis paketas apima profilių (skaitinių modelių) sudarymo iš sudėtinių palyginių, profilių duomenų bazės sudarymo, profilių (arba sudėtinių palyginių) paieškos profilių duomenų bazėje ir kt. programas. Rezultate COMA išveda porinius profilių (sudėtinių palyginių) palyginius su statistinio reikšmingumo įverčiais, kurie išreiškia tikimybę, kad išlygiuota profilių pora yra atsitiktinė.

COMA instaliacijos pakete yra vykdomieji failai Linux x86, Linux x86_64 ir MS Win32 platformoms. Pakete taip pat yra šaltinių failai, paliekantys galimybę sukompiliuoti ir instaliuoti programas kitose sistemose. Instrukcijos README faile nurodo kaip tai atlikti.

COMA programinis paketas yra licenzijuotas Creative Commons Attribution-Noncommercial 3.0 Unported Licenzija.

Norėdami instaliuoti COMA, atsisiųskite naujausią versiją:
coma.1.10.tgz [versija 1.10] [~31M]

Ankstesnės versijos:
coma.1.05.tgz [versija 1.05] [~30M]
coma.1.02.tgz [versija 1.02] [~30M]
coma.0.41.tgz [versija 0.41] [~28M]

Išpakuokite archyvą (naudokite komandą: tar -zxf <failo_pavadinimas.tgz>) ir toliau vadovaukitės instrukcijomis README faile.

Duomenų failai

Šiame kataloge rasite reguliariai atnaujinamas suarchyvuotas COMA profilių duomenų bazes (tas pačias, kurios naudojamos COMA internetiniame serveryje) atitinkančias: PDB, nufiltruotą iki 40% sekų identiškumo lygio, SCOP, nufiltruotą iki 40% sekų identiškumo lygio, ir PFAM. Profilių duomenų bazės yra tekstiniame formate, todėl gali būti naudojamos įvariose sistemose.

Publikacija:

Margelevičius M., Venclovas Č. (2010) Detection of distant evolutionary relationships between protein families using theory of sequence profile-profile comparisons. BMC Bioinformatics, 11:89.